Nội thủy là một bộ phận cấu thành lãnh thổ của quốc gia, nội thủy của đa số các quốc gia đều tiếp liền với lục địa nên hầu như các luật lệ ở lãnh thổ lục địa cũng được áp dụng cho nội thủy. Quốc gia ven bờ thực thi chủ quyền hoàn toàn và tuyệt đối đối với vùng nước nội thủy, không phận phía trên và đáy biển, lòng đất dưới đáy biển phía dưới lớp nước của nội thủy. Vì vậy, chế độ pháp lý của nội thủy được xác lập chủ yếu trong luật quốc gia. UNCLOS 1982 không quy định về vấn đề này.
1. Hoạt động của tàu thuyền nước ngoài trong nội thủy
Pháp luật của các nước thường quy định tàu thuyền nước ngoài muốn vào nội thủy của quốc gia ven biển đều phải xin phép. Thời gian, thủ tục xin phép, cơ quan có thẩm quyền cấp phép... do pháp luật quốc gia quy định. Nghĩa vụ xin phép sẽ không đặt ra trong các trường hợp sau:
Thứ nhất, tàu thuyền nước ngoài gặp các sự cố, tai nạn... đe dọa an toàn của con tàu hoặc hành khách, hàng hóa trên tàu. Tuy nhiên, khi đã vào được nội thủy, tàu thuyền nước ngoài phải khẩn trương thông báo cho cơ quan có thẩm quyền của quốc gia ven bờ về sự hiện diện của mình và tuân thủ các quy định, hướng dẫn của cơ quan hữu quan;
Thứ hai, tàu thuyền nước ngoài được quyền đi qua không gây hại tại một số vùng nước thuộc nội thủy nếu những vùng này chỉ trở thành bộ phận của nội thủy do quốc gia ven bờ khi sử dụng phương pháp đường cơ sở thẳng để xác định chiều rộng của lãnh hải đã gộp vào nội thủy.
Khi ở trong nội thủy, tàu thuyền nước ngoài phải tuân thủ luật và các quy định của quốc gia ven biển. Đối với tàu quân sự [tàu chiến - Xem thêm khoản 2 Điều 8 UNCLOS 1982] và Theo Điều 29 UNCLOS 1982, tàu quân sự là mọi tàu thuyền thuộc lực lượng vũ trang cùa một quốc gia và mang dấu hiệu bên ngoài đặc trưng cho các tàu quân, sự thuộc quốc tịch của quốc gia đó; do một sĩ quan hải quân phục vụ quốc gia đó chi huy, người chi huy này có tên trong danh sách các sĩ quan hay dong một tài liệu tương đương và đoàn thủy thù phải tuân theo các điều lệnh kì luật quân sự, quốc gia ven biển thường quy định khá chặt chẽ về thời gian neo đậu, số lượng tàu quân sự được phép vào, tư thế vũ khí, khí tài quân sự... Thực tiễn cho thấy hầu hết cảng biển nằm trong vùng nội thủy và vì vậy quốc gia ven biển có chủ quyền hoàn toàn tuyệt đối tại khu vực cảng biển, có toàn quyền quyết định về tính chất cảng biển của mình và cho phép hay không cho phép sử dụng cho hàng hải quốc tể. UNCLOS 1982 cho phép quốc gia có cảng “đặt ra các điều kiện đặc biệt cho các tàu thuyền nước ngoài đỉ vào các cảng hay nội thủy của mình hoặc công trình cảng cuối cùng ở ngoài khơi ” trong vấn đề “ngăn ngừa, hạn chế và chế ngự ô nhiêm môi trường biển”.
Quốc gia ven biển thông qua các cơ quan có thẩm quyền có thể quy định các điều kiện cho tàu thuyền muốn nhập cảng, được quyền ngăn chặn các tàu không đủ điều kiện vào nhập cảng, hoặc ngăn chặn tàu rời cảng khi xảy ra vi phạm:
“Khi các quốc gia, theo yêu cầu hay tự ý mình xác định rằng một con tàu đang ở một trong các cảng của mình hay ở một trong các công trĩnh cảng cuối cùng ở ngoài khơi của mình đã vi phạm các quy tắc và quy phạm quốc tế có thế áp dụng liên quan đến khả năng đi biển của tàu thuyền và có ngụy cơ từ đó gây ra thiệt hại cho môi trường biển, cần thi hành các biện pháp hành chính trong phạm vi khả năng của mình để ngăn không cho chiếc tàu này rời bến ” - Điều 211 UNCLOS 1982 và Điều 219 UNCLOS 1982.
2. Quyền tài phản của quốc gia ven biển trong nội thủy
Về nguyên tắc, quyền tài phán của quốc gia ven biển ở nội thủy cũng tương tự như ở trên đất liền. UNCLOS 1982 không có một quy định cụ thể nào về quyền tài phán hình sự hay dân sự của quốc gia ven biển đối với tàu thuyền nước ngoài ở nội thủy. Với vị trí tiếp liền với lục địa, các vi phạm trên tàu thuyền hay do tàu thuyền gây ra trong nội thủy có thể ảnh hưởng và tác động trực tiếp tới quốc gia ven biển. Vì vậy, quốc gia ven biển có quyền quyết định mức độ và giới hạn của quyền tài phán trong các lĩnh vực hình sự và dân sự. Trên cơ sở chủ quyền lãnh thổ, thực tiễn cũng như pháp luật các quốc gia trên thế giới đều khẳng định quyền tài phán quốc gia được xác lập và thực thi trong phạm vi lãnh thổ, bao gồm trên tàu thuyền nước ngoài đang neo đậu hay đi qua nội thủy. Tuy nhiên, việc thực thi thẩm quyền tài phán trên các con tàu này phụ thuộc vào mức độ ảnh hưởng cùa vụ vi phạm tới lợi ích, an ninh trật tự của quốc gia ven biển.
2.1 Quyền tài phán hình sự
Quốc gia ven biển có quyền tài phán hình sự đối với các hành vi vi phạm pháp luật hình sự được thực hiện trên tàu thương mại nước ngoài hoặc do tàu nước ngoài thực hiện trong nội thủy. Quốc gia ven biển cũng có thể thực hiện quyền tài phán hình sự đối với tàu nước ngoài trong vùng nội thủy nếu có yêu cầu của thuyền trưởng, của cơ quan đại diện ngoại giao hoặc lãnh sự nước mà tàu mang cờ quốc tịch, hoặc hành vi vi phạm xâm hại đến lợi ích, trật tự công cộng của quốc gia ven biển. Nếu hành vi vi phạm thực hiện giữa các thành viên thủy thủ đoàn và không ảnh hưởng đến quốc gia ven biển thì quốc gia ven biển có thể không thực hiện quyền tài phán.
Đối với tàu quân sự và tàu thuyền khác của nhà nước dùng cho mục đích phi thương mại, theo quy định của luật quốc tế, các phương tiện này được hưởng quyền miễn trừ tài phán. Trường hợp có sự vi phạm trong vùng nội thủy, quốc gia ven biển có quyền yêu cầu tàu thuyền vi phạm lập tức rời khỏi nội thủy, đồng thời yêu cầu quốc gia mà những tàu thuyền gây hại mang quốc tịch trừng trị những thủy thủ phạm pháp, chịu trách nhiệm bồi thường những tổn thất, thiệt hại do hành vi vi phạm của tàu thuyền này gây ra.
2.2 Quyền tài phán dân sự
Trong phạm vi nội thủy, quốc gia ven biển có quyền tài phán dân sự đối với tàu thương mại nước ngoài. Quốc gia ven biển có thể áp dụng các biện pháp trừng phạt hay biện pháp đảm bảo về mặt dân sự đối với tàu thuyền nước ngoài nếu chúng vi phạm các trách nhiệm hoặc nghĩa vụ đã cam kết ở trong nội thủy. Đối với các tranh chấp phát sinh giữa các thành viên của thủy thủ đoàn, quyền tài phán thường được thực hiện bởi quốc gia mà tàu mang cờ.