Được thành lập năm 1988 bởi một nhóm các nhà khoa học trẻ trong các lĩnh vực Vật lý, Toán, Cơ, Tin học ít nhiều đã làm quen với lập trình, chỉ sau một năm, FPT đã thành lập một bộ phận tin học mang tên ISC (Informatic Service Center). Một trong những dự án phần mềm đầu tiên mà ISC tham gia là dự án Typo4 xuất khẩu sang Pháp do một Việt kiều ở Pháp về chủ trì. Tiếp theo là hàng loạt giải pháp phần mềm cho các mảng ngân hàng, kế toán, phòng vé máy bay song song với phân phối thiết bị và dự án phần cứng. Đến tháng 12 năm 1994, khi đã đủ lớn, ISC được tách thành các bộ phận chuyên sâu về dự án, phân phối, phần mềm… Bộ phận phần mềm lúc đó có tên là FSS (FPT Software Solutions – tên tiếng Việt là Xí nghiệp Giải pháp Phần mềm FPT).

Từ 1994 đến 1998, FSS tiếp tục phát triển và cung cấp các giải pháp phần mềm cho các lĩnh vực Ngân hàng, Kế toán, Thuế, Hải quan, Công an.Một trong những thành tích nổi bật của FSS là xây dựng TTVN – mạng WAN đầu tiên tại Việt nam, tạo tiền đề phát triển cho Công ty Viễn thông FPT sau này (FPT Telecom). Trong những năm này, FPT liên tiếp được PC World Việt nam bình chọn là Công ty Tin học số một.

Cuối năm 1998 đầu 1999, sau khi chiến lược xuất khẩu phần mềm được định hình, một nhóm chuyên gia được tách ra từ FSS để thành lập FSU1 (FPT Strategic Unit

1) như bộ phận chịu trách nhiệm mũi nhọn trong sứ mệnh Toàn Cầu Hoá. FSU1 chính là tiền thân của FSOFT ngày nay. Trong năm 1999, FSOFT đã thực hiện thành công dự án đầu tiên với khách hàng Winsoft, Canada, bước đầu xác định cơ cấu tổ chức, lên các chương trình chuẩn bị nhân lực cho xuất khẩu. Năm 2000, FSOFT chuyển trụ sở sang toà nhà HITC. Ảnh hưởng bởi vụ dotcom, thị trường xuất khẩu phần mềm gặp nhiều khó khăn. Tuy vậy, FSOFT đã vượt qua được thử thách và đạt được kết quả quan trọng – ký hợp đồng OSDC (Offshore Software Development Center) đầu tiên với Harvey Nash. Đến nay, Harvey Nash vẫn là một trong những khách hàng lớn nhất của FSOFT.

Năm 2001 được đánh dấu bằng các hợp đồng OSDC với Mỹ và đặc biệt là OSDC với NTT-IT – khách hàng Nhật bản đầu tiên của FSOFT. Năm 2001 cũng là năm FSOFT bắt đầu dự án CMM-4, với mục tiêu đạt chứng chỉ CMM mức 4 trong vòng một năm.

FSOFT đạt CMM mức 4 vào tháng 3/2002, trở thành công ty đầu tiên ở khu vực Đông Nam Á đạt chứng chỉ này. Năm 2002 cũng là năm FSOFT củng cố lại sơ đồ tổ chức, bằng việc thành lập các Trung tâm sản xuất và các Phòng chức năng. Cuối 2002, lần đầu tiên doanh số FSOFT vượt ngưỡng 1 triệu USD. Năm 2003 đem về cho FSOFT nhiều khách hàng mới, đặc biệt là các khách hàng lớn của Nhật như Hitachi, Sanyo, Nissen, IBM Japan. FSOFT thành lập Văn phòng tại thành phố Hồ Chí Minh. Để chuẩn bị cho thị trường Nhật, một chương trình lớn được triển khai bao gồm thành lập Trung tâm Đông Du đào tạo tiếng Nhật CNTT, tuyển sinh viên các Khoa tiếng Nhật và hỗ trợ học bổng cho họ học Aptech, tuyển sinh viên tốt nghiệp các trường CNTT và đào tạo tập trung tiếng Nhật 6 tháng. Năm 2003 cũng là năm dự án CMM-5 khởi động. Đầu năm 2004, FSOFT trở thành Công ty cổ phần phần mềm FPT. Trụ sở tại Tp. Hồ Chí Minh được chuyển về toà nhà e-town. FSOFT đạt CMM mức 5 (mức cao nhất) vào tháng 3. Để phục vụ tốt hơn các khách hàng Nhật, Văn phòng đại diện của FSOFT được mở tại Tokyo. Năm 2004 cũng là năm gặt hái nhiều thành công của Công ty Phần mềm FPT, với doanh số xuất khẩu năm 2004 tăng trưởng hơn 200% so với năm 2003.

Năm 2005 là năm đánh dấu bước phát triển của công ty về mọi mặt, giúp FSOFT khẳng định vị trí công ty phần mềm hàng đầu Việt Nam. Tháng 8/2005 thành lập Chi nhánh Đà Nẵng, tháng 11 thành lập Công ty FSOFT JAPAN tại Tokyo, tháng 12 khai trương Trung tâm Tuyển dụng và Đào tạo tại toà nhà Simco, Hà nội. Hết năm 2005, FSOFT tăng trưởng 114% doanh số, trở thành công ty phần mềm đầu tiên của Việt Nam có 1000 nhân viên.

Tháng 10, năm 2007, FSOFT chuyển Trung tâm đảm bảo nguồn lực (RAC) về tòa nhà FPT Software tại Ngõ Tuổi trẻ- Hoàng Quốc Việt, đánh dấu sự trưởng thành trong công tác Tuyển dụng và đào tạo ban cho nguồn nhân lực của toàn Fsoft Hà Nội. Các Trung tâm sản xuất phần mềm được chuyển đến làm việc tập trung tại Tòa nhà FPT Building tại Phạm Hùng. Cuối năm 2007, doanh số của Fsoft đạt 29,6 triệu USD, tăng 79% so với doanh thu năm 2006; số nhân viên chính thức là 2,287 người.

FSOFT có hệ thống khách hàng rộng lớn trên toàn thế giới ở Mỹ, Châu Âu, Nhật Bản, và các nước Châu Á Thái Bình Dương (Malaysia, Singapore, Thailand, Australia). Trong chiến lược gia nhập hàng ngũ những nhà cung cấp dịch vụ phần mềm hàng đầu thế giới, Công ty tập trung phát triển nguồn nhân lực chất lượng cao – giá trị cốt lõi đóng góp vào tăng trưởng của công ty. Với 80% nhân viên FSOFT thuần thục về tiếng Anh và hơn 200 người sử dụng tiếng Nhật, FPT Sofware không ngừng tìm kiếm và tạo cơ hội cho những tài năng trẻ. Mục tiêu trong năm 2008, Fsoft sẽ đạt doanh thu 48,5 triệu USD, lợi nhuận ước tính sẽ đạt 14,7 triệu USD với số nhân viên sẽ là 3400 người.